« Vers une plateforme à base d’ontologies pour l’intégration de Modèles de simulation des maladies infectieuses »

Abstract

Le contrôle des maladies infectieuses constitue un défi perpétuel en santé publique. La nécessité de comprendre leur dynamique complexe et l’impératif d’élaborer des stratégies de veille épidémiologique, de contrôle et d'atténuation requièrent souvent des activités de modélisation et de simulation numérique. Cependant, il convient de noter que la modélisation et la simulation de tels systèmes complexes requièrent des compétences expertes sur les outils de modélisation et les plateformes de simulation. Ce qui constitue souvent un blocage pour les praticiens et les débutants dans le domaine. En outre, la communication entre les modélisateurs et les experts du domaine peut être compliquée en raison des différences dans les langages et les concepts utilisés de part et d’autre. Dans ce mémoire, nous présentons un projet visant à apporter des solutions à ces complications afin de faciliter l’exercice même de modélisation et de simulation des maladies infectieuses, simplifier le processus de simulation des modèles, favoriser la collaboration entre les chercheurs (praticiens et « modélisateurs ») et permettre la réutilisation de modèles et des parties de modèles. La première étape dans la mise en œuvre de ce projet consiste à proposer une plateforme à base d’ontologies pour automatiser le processus de simulation des modèles de maladies infectieuses. La plateforme comprend un entrepôt de modèles de simulation, une ontologie pour annoter ces modèles et un module d'orchestration autonome des simulations qui assure la sélection, la comparaison, et la composition éventuelle de modèles de simulation. Dans le cadre de ce mémoire, notre contribution principale à ce projet est le développement d’un « module de gestion des simulations » qui assure l’orchestration autonome du processus de simulation d’un modèle avec une plateforme de simulation spécifiée. Ce module permet, à partir d’une « requête de simulation » émise par un utilisateur par exemple, de requérir les données d'entrée du modèle à simuler, d'exécuter les simulations demandées et offrir à l’utilisateur des mécanismes facilitant l’exploitation des résultats des simulations.